
В 1997 году на месте будущего храма находилось заброшенное строительство нового корпуса поликлиники , точнее котлован для неё. По преданию, маленькая девочка нечаянно упала в котлован и чудом осталась жива. Поэтому выбор именно этого места для строительства храма был не случайным.
2 ноября 1997 года, по благословению Епископа Иова, управляющего Херсонско–Таврической Епархией УПЦ, была создана инициативная группа из 8 человек по открытию Свято–Знаменсого Храма. А уже 10 декабря 1997 года был официально зарегистрирован устав общины УПЦ Знамение Божией Матери в городе Херсоне. Настоятелем будущего храма стал прот. Илия (Щербан).
Первые службы проходили на квартире одной из прихожанок. И уже в сентябре 1998 года на территории будущего храма был установлен поклонный крест возле которого под открытым небом прот. Илия с прихожанами служил первую службу. Как вспоминают прихожане, первый двунадесятый Праздник Рождества Богородицы служили во время ливня с грозой. Чуть позже появилась большая палатка, в которой проходили службы.
Одновременно завозили строительные материалы и рыли котлован для нижнего храма. Престольный праздник в декабре 1998 года служили в нижнем храме. К весне 2000 года усилиями настоятеля и прихожан был возведён верхний храм, и Пасху Господню в 2000 году праздновали в верхнем храме, освещённом в честь иконы Богородицы “ Знамение”.